Con la derrota ante el Recreativo de Huelva por 1-0 en la jornada 41.ª el FC Cartagena se despidió matemáticamente a sus opciones de ascenso a Primera División, camisetas dela juventus finalizando la campaña en quinto posición. Finalizadas las 14 primeras jornadas del campeonato, un tercio de la temporada 2009/2010 y con una victoria sobre SD Huesca por 1-0 en el Estadio Municipal Cartagonova, el equipo cartagenero se situó líder de la Segunda División. La recta final del campeonato dejó al FC Cartagena fuera de los play-off de ascenso. A falta de 5 jornadas para la finalización de la Liga Adelante (Segunda División), el Cartagena se encontraba en posición de ascenso a la Primera División. «Clasificación histórica Liga Santander – Primera División». Una mala racha en los últimos partidos hizo que perdiera todas sus opciones de luchar por el ascenso a Primera División vía play off, y terminó la campaña en mitad de tabla, puesto decimotercero. David Amaral empezó la temporada como entrenador pero dimitió a mitad de competición coincidiendo con la marcha de Miguel Torrecilla, en su lugar vino José Luis Montes pero sería destituido por los malos resultados, y Juan Francisco Alcoy tomó las riendas en las últimas jornadas. Con el resultado de 3:2 en la definición a penales, Brasil pasó a cuartos de final mientras que Chile finalizó su participación en la Copa Mundial de 2014, consiguiendo el 9.º lugar de la clasificación general.
El 8 de noviembre de 2009 tiene lugar en el Estadio Nueva Condomina el derbi entre el Real Murcia CF y el F.C Cartagena saldándose con victoria del equipo visitante por 1-4 con más de 8000 cartageneros en las gradas. La camiseta también tiene bordada un símbolo basado en el león rampante del Estandarte Real de Escocia. Escocia se clasificó para la Copa Mundial de la FIFA 1982 desde un grupo difícil, con Suecia, Portugal, Israel e Irlanda del Norte, perdiendo solo un partido en el proceso. Se confía la dirección del equipo a José Francisco Grao García conocido en el mundo del fútbol como «Pato». Se estima que el fútbol tiene alrededor de 250 millones de jugadores en todo el mundo, y que moviliza alrededor de 1.800 millones de interesados y fanáticos en el globo entero. Yo la verdad ,es que si largan a Carletto si se quedan fuera ,lo firmo. ↑ «Los jugadores que más goles le han anotado a la Roja». ↑ BDFutbol (ed.). «Ficha de Adrián Escudero». ↑ «Amarilo construirá sede de la Federación Colombiana de Fútbol en Barranquilla». Numéricamente esta representación es la que formó cifra en el congreso de Concepción y ello en virtud de estas dos causas: 1ª , Artigas propendía – al parecer – a que se unificasen en una sola Provincia libre, Corrientes, Misiones y Entre Ríos en la acepción histórica de este nombre y en esta reunión que por lo mismo se denomina en algunos documentos “Congreso del Oriente” o “Congreso Oriental” (del río Paraná, se entiende) procuró que se estableciese la primer ligadura de Derecho al referirse en sus convocatorias a “todo el Entre Ríos”; 2ª, Como además de Concepción de las Misiones, Corrientes y esta Ciudad, Capitales de los tres pueblos” que se aspiraba a refundir en uno era preciso oír sobre el particular a los demás establecidos en sus respectivas regiones, para que todos ellos supiesen prácticamente que se mantendría siempre el plano de igualdad en que estaban, a todos se les invitó a designar representantes, explicándoles de entrada para acallar celos posibles, que la sede de la asamblea se fijaba en esta ciudad teniendo presente su situación geográfica central.
La directiva, a pesar de la clasificación para las eliminatorias por el ascenso a Segunda División, decidió rescindir el contrato del técnico Pacheta. Paco Jémez no llega a un acuerdo para renovar el contrato para la campaña 2009/2010, por lo que se desvincula del equipo. A falta de cinco jornadas para la conclusión del campeonato regular, juventus equipacion el conjunto departamental marchaba cómo líder de grupo. Al comenzar la segunda vuelta el FC Cartagena sigue demostrando las buenas sensaciones de la primera vuelta venciendo a equipos como el Girona FC en casa por 4-1 o Rayo Vallecano a domicilio por 2-3. Finalizadas 28 jornadas, dos tercios de liga, el equipo se afianzó en posiciones de ascenso a Primera División, consiguiendo una importante victoria frente al Cádiz CF por 4-1. A falta de 10 jornadas para la finalización del campeonato (jornada 32.ª) el FC Cartagena se impuso al Real Murcia CF en el Estadio Municipal Cartagonova por 3-2, afianzándose en la segunda posición en solitario de la Segunda División. En 1916 se consagró campeón del Primer Campeonato Sudamericano de Selecciones (actual Copa América) en forma invicta.
La temporada 2013/2014 se planifica con Tevenet como entrenador del primer equipo, con una plantilla mucho más austera que la temporada anterior, pero con el mismo objetivo, luchar por el retorno a la Segunda División. Una mala racha de juego y resultados, y la salida del equipo del play off de ascenso a Segunda División hacen que el técnico sea destituido tras la jornada decimosexta, tras haber permanecido 13 jornadas liderando la tabla. En la última jornada se confirmó como subcampeón de grupo. Finaliza la campaña en el puesto 20.º con 40 puntos, solo por delante de CD Alcoyano y Nástic de Tarragona y a 6 puntos del CE Sabadell, equipo que marcaba la permanencia como 19.º clasificado. Nada más comenzar la segunda vuelta de la liga, y con motivo del mal juego del equipo y su mala relación con algunos jugadores, el entrenador Fabri es relevado en el banquillo por el ex-internacional español y entrenador canario Paco Jémez quien clasifica al equipo para los play-off de ascenso como campeón de grupo. Tras una victoria por 1-2 en el Estadio Nuevo Arcángel de Córdoba frente al Córdoba CF en la jornada 39, el FC Cartagena se situó a falta de tres jornadas para la finalización de la liga, empatado a puntos con el Real Betis y con el Hércules CF en puestos de ascenso, en la pugna por ascender a Primera División.